Вы также можете отслеживать эти записи реестра:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\NOHIDDEN
а также
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL
Небольшое исследование показывает много вирусов, которые вмешиваются во все 3 записи реестра. Вполне вероятно, что в вашей системе еще что-то есть. Лично я не чувствую себя в безопасности, используя ОС после ее взлома, даже если сканер обнаруживает много вирусов и успешно удаляет их, кто знает, что осталось позади? Если это вариант (даже если вы предпочитаете не делать этого), я бы посоветовал вам выполнить чистую установку. Сразу после установки всех необходимых программ и драйверов создайте резервный образ с помощью Acronis True Image или Norton Ghost, к которому можно вернуться. Я бы также предложил часто обновлять указанные резервные копии.