Да, все основные дистрибутивы настраивают свое ядро. Я использую Mandriva Linux, и у них есть около 500 патчей для ядра, но система хорошо работает и с ядром Vanilla (оригинальным).
Обычно последний номер, в вашем случае 21, показывает номер сборки вашего настроенного ядра. Другими словами, Ubuntu построил 21 ядро из исходных версий 2.6.31, пока они не достигли текущего состояния.
Некоторые каталоги также настроены так, чтобы приложения могли различать несколько ядер, если у вас установлено более одного ядра.