Похоже, у вас есть мультибиблиотечная система - x86_64 с установленными пакетами i686. Часто такие пакеты совместно используют файлы, и это не проблема, если они абсолютно идентичны. Похоже, что здесь вы обновили одну архитектуру, но не другую, а общий файл изменился.
Самый простой выход из этого - удалить пакеты i686. В этом случае,
sudo dnf remove libpng.i686 libgpg-error.i686 pcre.i686 должен сделать это. Он также может удалить кучу зависимостей i686, что нормально. Вы всегда можете положить их обратно. Сделайте это, а затем обновите, а затем верните обратно все 32-битные программы, которые вам действительно нужны.