Службы запускаются при загрузке (или около нее) - в зависимости от режима запуска «при запуске» или «отложенного запуска».
MSConfig объединяет части «Все пользователи» и «зарегистрированный пользователь» элементов автозагрузки (папки «Автозагрузка» и «reg») в один список. Таким образом, список, который вы видите, будет отличаться от списка другого пользователя.