да, вы можете использовать mkvmerge CLI / GUI: https://mkvtoolnix.download/downloads.html
mkvmerge.exe --output E:\output.mka --audio-tracks 1 --no-video --no-subtitles --no-attachments --language 1:und --track-name "1:Johnny Cash - Ring of Fire" --compression 1:none "E:\file1.mka" --attachment-name cover.png --attachment-mime-type image/png --attach-file E:\cover.png --title "Johnny Cash - Ring of Fire" --probe-range-percentage 0.50
обратите внимание, что имя изображения всегда должно называться «обложка»