Это представляется возможным при использовании параметра --packages (-P) для Cygwin Setup.exe. Хороший пакетный скрипт можно найти здесь :
setup.exe ^ --no-shortcuts ^ --quiet-mode ^ --disable-buggy-antivirus ^ --packages ^ aria2,^ atool,^ autoconf,^ automake,^ autossh,^ [...]
Конечно, составление списка ваших любимых пакетов по-прежнему необходимо, что можно сделать с помощью cygcheck -c .