Файл конфигурации находится в ~/.config/pcmanfm/LXDE/desktop-items-0.conf
.
Чтобы изменить папку рабочего стола, измените настройку folder
.
Вот как выглядит мой файл:
[*] wallpaper_mode=crop wallpaper_common=1 wallpaper=/home/mb/images/simple_shapes.png desktop_bg=#000000 desktop_fg=#ffffff desktop_shadow=#000000 desktop_font=Sans 12 folder=/home/mb/superSpecialDir show_wm_menu=0 sort=mtime;ascending; show_documents=0 show_trash=1 show_mounts=0