Предполагая NTFS здесь, в этом случае технический предел составляет около 4 миллиардов файлов. И пока вы не перевалите за десятки тысяч за каталог, вам действительно не стоит слишком беспокоиться.
Однако обратите внимание, что такие программы, как Explorer, страдают гораздо раньше, чем десятки тысяч, потому что они пытаются получить доступ ко всем файлам в данном каталоге, чтобы получить метаданные и т. Д.