Самое простое решение заключается в том, что вы можете пометить свой файл как только для чтения, прежде чем перемещать его. Таким образом, Windows не сможет «восстановить» ваш файл, и он будет иметь все свои байты без изменений.
В качестве альтернативы, вы можете попробовать использовать стороннюю программу копирования-вставки, такую как terracopy. Эти программы не должны пытаться исправить что-либо вроде того, как пытается это сделать Windows. Если вы не хотите использовать терракопию, вы можете попробовать любой из них: http://www.techyard.net/tools-to-replace-windows-default-copy-paste/
Извините, я не сталкивался с этой проблемой, о которой вы говорите, но она должна решить проблему IMO.