Так должно быть
ffmpeg -i video.mp4 -filter:v "minterpolate=fps=60" -c:a copy output.mp4 filterэто опция, которая применяется ко всем подходящим потокам. Если -filter:v:2указан, он будет применен к третьему потоку вывода видео. -filter:vбудет применяться ко всем потокам вывода видео и -filterко всем обрабатываемым потокам вывода (видео, аудио, субтитры).
Поскольку это -filterбыло указано в команде OP, ffmpeg также применяется к аудиопотокам, но minterpolateявляется фильтром только для видео.