Теперь я понимаю, что вы работаете с Shapes. Вы можете сделать это следующим образом:
CTRL+ Left Click
миниатюра слоя верхнего слоя, чтобы выбрать его.
CTRL+ ALT+ SHIFT+ Left Click
миниатюра слоя нижнего слоя для выбора пересечений:
Нажмите на верхний слой еще раз и нажмите Add Layer Mask
Надеюсь, это должно дать желаемый результат.