Исправление # 522 - добавьте флаг CLI --start-in-tray, чтобы приложение могло запускаться в фоновом режиме, и, похоже, решит вашу проблему.
Нет документации для этого, но я думаю, вам нужно использовать команду:
nativefier --tray start-in-tray
Или, может быть
nativefier --start-in-tray