Часть Windows: настройка хранится в реестре локальной ОС, а не на самом диске, поэтому Linux не может об этом знать (проверено на моих машинах с Windows XP и 7). Даже если какой-то дистрибутив Linux сохранит настройки на диске, Windows не будет заботиться об этом.
Я не знаю, где Linux будет сохранять настройки.