Если у вас были данные на Google Диске, до установки Backup and Sync Google Drive может перенести данные из облака на ваш диск.
Если вы хотите сохранить данные, которые находились на Google Диске (в облаке), отдельно от Папки (на вашем компьютере), которую вы хотите синхронизировать с Google Drive с помощью Backup и Sync, вы можете просто использовать разные имена для 2 папок.
Если папка, существующая в Google Drive Cloud, называется FolderA, просто используйте FolderB в качестве имени папки на вашем компьютере.