Как объяснил «druuna» на http://www.linuxquestions.org/questions/linux-software-2/gunzip-%5Bfile%5D-has-more-than-one-entry-unchanged-618990/#post3047709, это может произойти, если это на самом деле ZIP-файл, а не gz-файл, просто с вводящим в заблуждение расширением.
В моем случае это совершенно верно:
$ file tmp.gz tmp.gz: Zip archive data, at least v2.0 to extract
и использовать, unzip
а не gzip -d
работал отлично.