Вы не можете использовать Linux для копирования файлов Windows, так как модели разрешений двух операционных систем несовместимы. Вы должны были сделать резервную копию образа вашего жесткого диска, чтобы иметь возможность его восстановить.
Я предлагаю установить Windows с загрузочного носителя на диск, стирая его в процессе. Переустановите ваши приложения и заново выполните все настройки. Наконец, скопируйте ваши личные файлы из резервной копии.
Не пытайтесь копировать системные папки - копируйте только свои собственные данные, где бы вы ни хранили их. Как примечание, приложения не являются личными данными, их нужно переустанавливать.