Есть ли причина, по которой вы не сопоставляете имена полей?
Если ваш файл Excel и файл FileMaker должны иметь разные имена полей, вы можете импортировать их во временную таблицу, совпадающую с именами полей Excel, а затем перенести из временной таблицы в постоянную таблицу.
Дополнительная информация об импорте в целом: http://www.filemaker.com/11help/html/import_export.16.20.html