Похоже, вы хотите что-то вроде того, что описано здесь:
http://technet.microsoft.com/en-us/library/ff384148%28v=ws.10%29.aspx
Это система квот на пользователя для процессов (технически на SID), и она должна делать то, что вам нужно. Если у вас есть 10 процессов Minecraft и вы ограничиваете до 9%, у вас должно быть 10% ЦП для RDP и т.п.
Если вы используете другие ограничения на ресурсы, возможно, вы захотите рассмотреть их отдельно.