Если вы использовали git, вам повезло с файлами и папками, которых нет в списке игнорируемых git.
Во-первых, установите git с учетом регистра. По умолчанию было установлено значение true, чтобы соответствовать Windows:
git config core.ignorecase false
Проверьте список имен файлов измененных случаев, которые запутала Windows:
git status
Теперь удалите испорченные файлы и папки. Не удаляйте git игнорируемые файлы!
Теперь верните удаленные файлы такими, какими они были до того, как Windows изменила ситуацию:
git checkout .
Еще одна причина, чтобы выйти из Windows.