Ваши (не RAID) диски с данными будут в порядке, потеря данных не должна произойти.
Режим AHCI против RAID против IDE / Legacy не имеет отношения к содержимому диска. Диск должен сообщать ту же емкость, схему нумерации блоков и т. Д. В BIOS и ОС.
Единственное отличие заключается в типе устройства (и возможностях) дискового контроллера, который BIOS представляет ОС.
Я сделал десятки таких преобразований (я потерял счет, может быть, более 100). Никогда не видел никаких проблем.