Поскольку сам исполняемый файл не является приложением UWP, вы можете запустить его с аргументами, используя:
%ProgramFiles%\WindowsApps\dotPDNLLC.paint.net_4.21.6589.0_x64__h55e3w7q8jbva\PaintDotNet.exe %1
Расположение приложения можно узнать, набрав в PowerShell:
(get-appxpackage dotPDNLLC.paint.net).InstallLocation
Примечание. Возможно, вам понадобится взять собственную папку WindowsApps . Обратитесь к этому ответу о том, как это сделать.