Чтобы гарантировать точные данные, вам нужна ОС реального времени . Linux по умолчанию не лучше, чем Windows, но Linux может быть сконфигурирован с ядром с поддержкой реального времени (IIRC).
Подробности о том, как написать такую программу, я предлагаю вам спросить на stackoverflow.com.
Теперь на практике вы получите достаточно точные результаты и под Windows. Планирование процесса очень мало повлияет на результаты. Большинство антивирусных программ работает в пользовательском пространстве, что означает, что они находятся в равных условиях с вашим приложением. Лучше всего попробовать и посмотреть.