Жесткий диск намного медленнее, чем твердотельный накопитель, и объясняет вашу проблему. SSD быстрее в 2-х отношениях - необработанная «последовательная» скорость в 5 раз быстрее, чем hdd, но это не так важно, как задержка - что на порядки выше для SSD, потому что он не ждет вращения диск.
Использование дискового дефрагментатора может очень помочь.
Вторая проблема, скорее всего, своп / пейджинг. Я ожидаю, что ваша система выполняет более агрессивный пейджинг, потому что SSD работает быстро, а ваша система постепенно перекалибруется на меньшую / другую страницу, что может объяснить постепенное увеличение скорости по сравнению с первым переключением.
ЭТО СКАЗАЛ - Жесткие диски - это шаг назад, и, в общем случае, они не могут конкурировать с SSD ни в какой мере, кроме цены / гига - вы можете попробовать вернуться к SSD для вашего диска, а не использовать hdd для файлов. (Если это ноутбук, это может быть непрактично, или вы можете поместить жесткий диск в отсек для компакт-диска, если он есть, или в корпус USB)
Это маловероятно, но не невозможно, ваш жесткий диск неисправен и перераспределяет сектора. Получить инструмент для просмотра значений Schedule.MART вашего жесткого диска для проверки.