Вам нужен резервный клиент, который запускается вне окон (например, создает образ системы) или тот, который может использовать Volume Shadow Copy (VSS). VSS имеет то преимущество, что вы можете создавать резервные копии файлов во время работы Windows.
Это означает, что вы будете привязаны к программе.
У меня есть хороший опыт создания резервных копий в Veeam, и он бесплатный для личного использования. Он ведет себя как профессиональное решение для резервного копирования, резервное копирование по расписанию, когда подключен USB-накопитель, и имеет возможность возобновить резервное копирование, когда система была выключена и включена позднее.