Попробуйте использовать утилиту "find", чтобы исключить эти файлы, а затем передайте результат в rmlint:
$ find /target/dir -type f ! -name '*.nib' ! -name '*.icon' ! -name '*.plist' | rmlint [options] -
"! -Name 'pattern'" указывает find исключать файлы, соответствующие 'pattern'.
Параметр «-» для rmlint означает чтение списка файлов из стандартного ввода.