NetBeans, безусловно, может помочь вам использовать SVN внутри, но для внесения изменений вам нужен svn server. На сервере cPanel вы можете установить сервер SVN и зафиксировать его в своей IDE. Если вы используете общий сервер, вам необходимо попросить системного администратора установить svn на сервер и создать для вас хранилище. Затем вы можете использовать этот репозиторий для фиксации и извлечения из любого количества мест, которые вы хотите (при условии, что вы предоставили правильные учетные данные).
Однако cPanel не обязательно должен быть связан с SVN, по крайней мере, для ваших целей.
[Примечание: почему бы вам не обновить себя, чтобы использовать git ( http://git-scm.com ), и вы можете использовать http://github.com и многие другие для размещения своих проектов]