Я задал еще один вопрос о сравнении (сравнении) файлов некоторое время назад. Вы можете выбрать некоторые рекомендации здесь:
Википедия также всегда помогает:
http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_file_comparison_tools
Для обычной работы я обычно использую vimdiff (а для Mac есть vim). Все, что вы делаете для vimdiff (до 4 по умолчанию) файлов, это vim -d file1 file2 file3 или gvim -d file1 file2 file3