Я бы использовал Portable версии обоих браузеров, потому что их папка профиля находится в главной папке, поэтому она независима.
Но вы также можете скопировать папку профиля (\ user) из одной в другую и синхронизировать ее. Waterfox 55 совместим с Firefox55, но также и с более старыми версиями Firefox