Первое, что я делаю в Windows, это отключаю расширение Adobe Reader Firefox. Последняя версия действительно отстой.
Это должно позволить вам скачать PDF снова. Возможно, он захочет открыть их в Adobe Reader, но смена приложения по умолчанию, связанного с PDF-файлами в Ubuntu, должна это исправить.
Щелкните правой кнопкой мыши файл PDF и выберите «Открыть с помощью другого приложения». Выберите предпочитаемое приложение и установите флажок «Запомнить это приложение для файлов PDF-документов».