Я обновил с 3.4.1 до 4.0.2, и это сработало. Тем не менее, я получил лучшие результаты с
>ffmpeg -hide_banner -v warning -i logo.gif -filter_complex "[0:v] scale=320:-1:flags=lanczos,split [a][b]; [a] palettegen=reserve_transparent=on:transparency_color=ffffff [p]; [b][p] paletteuse" logo-320.gif
Чтобы избежать белой линии артефакта по краю, добавив palettegen=reserve_transparent=on:transparency_color=ffffff
.