Свойства svn: ignore просто удаляются, если вы копируете с помощью проводника (по крайней мере, в OpenSuse), выполняющего копирование через командную строку с помощью команды:
cp -r new-package/* old-package/
Не удаляет игнорируемые значения, установленные во всех подпапках (и рекурсивно все папки в первой).
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я не уверен, это нормальное поведение SVN или просто происходит в OpenSuse, кто-то может подтвердить это?