Контейнерный формат AVI вообще не поддерживает встроенные (мультиплексированные) субтитры - он поддерживает только жесткие субтитры, что требует перекодирования видео с субтитрами, фактически имеющимися в каждом видеокадре.
Чтобы иметь мультиплексированные субтитры, вам нужно использовать форматы контейнеров MKV или MP4, в зависимости от формата субтитров.
Ваши AVI-файлы могут быть повторно смешаны в любой контейнер, опять же, в зависимости от видео и аудио кодеков. См. Сравнение форматов контейнеров в Википедии для таблиц совместимости.
Я обнаружил, что MKV поддерживает гораздо больше комбинаций, чем MP4
Пакет MKVToolNix доступен для Linux и сделает все необходимое
Для MP4 используемым инструментом является MP4Box
Если вам нужна дополнительная информация о разнице между форматом контейнера (например, AVI, MP4, MKV и т. Д.) И кодеком (например, DivX, Xvid, H.264 и т. Д.), Тогда формат цифрового контейнера и связанные с ним статьи являются хорошим местом для Начните.