По моему опыту на обычных системах Unix, ваш файл author_keys должен иметь восьмеричные разрешения 600, чтобы только пользователь, создавший его (и root), мог прочитать его, чтобы другие пользователи не увидели файл. Я предполагаю, что то же самое в Cygwin. Строгий режим просто говорит вам об изменении разрешений, как вы узнали.
Так что из предыдущего опыта я бы сказал, что вы были правы. Что касается владельца, то это должен быть человек, которому принадлежат файлы, что, вероятно, означает «этот пользователь» в вашем контексте.