Поскольку у вас есть только несколько сотен файлов, я предлагаю вам использовать бинарный поиск, чтобы выяснить, где находятся плохие файлы.
Вы начинаете с сжатия половины файлов. Если он сообщает о плохом файле, вы возвращаетесь и пытаетесь сжать половину этого набора. И так далее, пока вы не найдете плохие файлы.
Затем вы возвращаетесь и делаете тот же процесс для второй половины файлов.
Хотя это немного трудоемко, это определенно найдет плохие файлы.