Ранее я уже сталкивался с подобной проблемой, и думаю, что это связано с удаленным файлом, с изменениями, которые необходимо было применить до того, как произойдет удаление.
Клиент SVN должен быть умнее и просто игнорировать изменения, но, очевидно, это не так.
Чтобы это исправить, мне пришлось:
- Восстановите соответствующий файл (ы)
- Выполнить обновление
- Иметь дело с конфликтами, если таковые имеются
- Повторно удалите файл
- Обновление / фиксации