Используйте <C-w>h
для перемещения курсора в окно слева и <C-w>jkl
для окна ниже, выше и справа соответственно (или, <C-w><Arrow>
если хотите).
Чтобы переместить курсор в верхнее левое окно (окно NERDTree), используйте <C-w>t
.
И обязательно прочитайте :help windows
.