Установите для переменной XMODIFIERS значение "":
$ env XMODIFIERS = "" java -jar your_java_application.jar
Или же:
$ export XMODIFIERS = ""
$ java -jar your_java_application.jar
Но в последнем случае переменная XMODIFIERS останется измененной после выхода из java-приложения, и, возможно, другие команды нуждаются в ней по умолчанию.
Я узнал этот трюк здесь: https://devnet.jetbrains.com/message/5485348;jsessionid=AC90E67E77944B70A337D368B22A788A#5485348