Это зависит от программного обеспечения, но обычно это данные, хранящиеся в реестре. Самым распространенным, что я видел, является дата истечения срока хранения, сохраненная в реестре, поэтому независимо от того, удаляете ли вы ее, при установке остается один ключ, оставленный в реестре, поэтому при повторной установке он считывает, что этот ключ уже истек.
Редактировать: в дальнейшем, некоторые программы даже не основывают его на фактической дате, просто отслеживают прошедшее время и затем вносят изменения в реестр по истечении x времени.