Пожалуйста, попробуйте опцию -config.
Со страницы CertReq .
«Обрабатывает операцию с помощью CA, указанного в строке конфигурации, которая является CAHostName \ CAName. Для соединения https укажите URI сервера регистрации. Для CA хранилища локального компьютера используйте знак минус (-)».
Например:
certreq -new "$INFPath" "$CSRPath" certreq -submit "$CSRPath" "$CERPath" -config ca1.timhaintz.com\ca1
Спасибо, Тим.