Здесь https://unix.stackexchange.com/questions/64191/how-do-the-internals-of-the-cron-daemon-work объясняется (на примере cron), как вы можете реализовать программу, что делает что-то каждые X секунд / минут. Это сделано аналогично вашему подходу.
Если ваш вопрос был в том, как процессор знает текущее время: обычно на материнской плате установлены аппаратные часы, работающие так же, как обычные кварцевые наручные часы, которые могут связываться с процессором. Процессор может спрашивать эти часы каждую мс или сколько угодно, какое точное время. Это причина, по которой на материнской плате обычно находится батарейка типа «таблетка»: чтобы аппаратные часы работали.