Из Как мне распаковать вложенные ZIP-файлы? приходит этот однострочник:
while [ "`find . -type f -name '*.zip' | wc -l`" -gt 0 ]; do find -type f -name "*.zip" -exec unzip -- '{}' \; -exec rm -- '{}' \;; done
Это удаляет все zip-файлы, которые были сделаны, чтобы избежать бесконечных циклов. Если вы хотите сохранить эти файлы, сначала сделайте резервную копию.