Я думаю, это связано с тем, что стандартные шрифты - это векторы, а эти картинки - растровые изображения, размер которых сильно изменяется. Решением может быть воссоздание этих гифок как шрифтов с чем-то вроде fontforge .
Учитывая, что cutepdf использует ghostscript (который является стандартным движком FOSS postscript), я сомневаюсь, что его cutepdf делает что-то странное.