Я бы попробовал их интерфейс REST, см. Сервис RESTful :
Отправка работы из командной строки
curl -i -X POST -d \ '{"email": "john@doe.com", "dynamic": "True", "name": "some project name"}' \ -H 'Content-Type: application/json' \ http://biocomp.chem.uw.edu.pl/A3D/RESTful/submit/2pcy/.
Символы разрыва строки ( \
) добавлены мной.