Я не знаю никакой утилиты, которая бы это сделала.
Я предлагаю просто позволить дисинхронизировать диски. Файлы, которые не находятся на их месте, будут удалены, а затем будут скопированы в нужное место. Использование robocopy /MIR
займет больше времени, чем процесс, который вы описываете, но будет работать. Вы можете потратить больше времени, чем это, и, возможно, напрасно, пытаясь заставить его работать по-своему.