Вы не хотите эту -qопцию, поскольку именно она генерирует ваш список файлов, которые отличаются.
Что-то вроде
diff -Naur /path/to/original /path/to/changed Должен генерировать то, что вы хотите. Если это так, просто перенаправьте вывод в файл для использования в качестве патча.
diff -Naur /path/to/original /path/to/changed > /path/to/my_changes.patch