Я не знаю инструмента, который может сравнивать точки восстановления.
Однако, как более подробно объясняется в Dump Registry для текстовых файлов для отслеживания, вы можете очень просто восстановить их, а затем экспортировать весь реестр в виде двух (огромных) текстовых файлов. Затем вы можете использовать утилиту сравнения текста, чтобы выяснить различия.
Если вы выберете это решение, не забудьте создать текущую точку восстановления системы, к которой вы сможете вернуться.