Эта проблема решена, потому что я удалил следующие файлы:
.gconf/desktop/gnome/url-handlers/http/%gconf.xml .gconf/desktop/gnome/url-handlers/http/%gconf.xml
Как только я удалил эти файлы, содержимое которых содержало ссылки на seamonkey, Evolution должным образом запускает Firefox.