Вы можете попробовать удалить файл, используя его индекс :
ls -il
Вы должны увидеть что-то вроде:
99999 d????????? ? ? ? ? ? .libs/
где 99999 - номер индекса. Тогда попробуй
find . -inum 99999 -exec rm -i {} \;
вам, вероятно, придется 'sudo' найти команду, так как владелец поврежден.
Если в этом каталоге были файлы, вы в конечном итоге создадите сирот и вам понадобится fsck вашего диска.