Учитывая, что среда устанавливает новые сборки в глобальный кэш сборок и другие места в вашем каталоге Windows, я бы посоветовал не удалять вручную. Почему вы не можете удалить через соответствующие каналы в разделе « Программы и компоненты» ?
Обратите внимание, что .net 4.5 по существу перезаписывает все предыдущие установки .net 4.0. Поэтому, как только вы удалите его, вам придется переустановить .net 4.0