Один из способов сделать это - использовать xdotool, например, из командной строки:
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Это ищет открытые окна, которые содержат имя «Старое имя» и изменяет его имя на «Новое имя». Вы также осуществляете поиск по классу Window, PID и множеству других вещей. Смотрите справочную страницу xdotool.
Возможно, есть другие способы автоматической установки при запуске программы в зависимости от программы и от того, использует ли она Qt, GTK или что.